多肽和蛋白質之間是有一定區別的，它們的結構不同、功能不同、內涵也不同，具體區別如下所示：

1、結構區別：

多肽不具備空間結構，而蛋白質具有一定的空間結構。多肽指的是由多個α-氨基酸以肽鍵連接在一起而形成的化合物，是蛋白質水解的中間產物，由兩個氨基酸脫水縮合形成的化合物叫二肽，以此類推有三肽、四肽、五肽等，通常情況下，10~100個氨基酸分子脫水縮合形成的化合物叫多肽，不具備空間結構；蛋白質是指由α-氨基酸按一定順序排列結合而形成的一條多肽鏈，再由一條或多條的多肽鏈按其特定方式進行結合，形成的高分子物質，具有一定空間結構。

2、功能區別：

多肽一部分具有生物學活性，一部分不具有生物學活性；蛋白質都具有生物學活性。

3、內涵不同：

多肽一般是強調線性序列，即一級結構；蛋白質一般是強調一個三維空間結構的術語，即蛋白質具有二級結構、三級結構和四級結構。