將池塘水體表層的鐵銹用干稻草繩拉向池塘一角后用三角抄網撈去，可減少池塘中該種藻類的數量，但此種方法清除效果不徹底，裸甲藻過度繁殖的環境條件未改變，之后又會大量繁殖。可在天晴時使用強氯精或者二氧化氯粉劑或者過硫酸氫鉀粉劑在養殖水體下風處裸藻聚集的表層油膜處干撒或化水潑澆，將裸甲藻類殺滅。晚上采取投放化學增氧劑，加開增氧機進行增氧操作，防止夜間缺氧。有于藻類有趨光性，集中在水體的中上層，殺藻藥物的計算僅僅考慮面積即可。或者使用泵抽取池塘表層水，排除表層的裸藻。由于池塘裸甲藻的形成主要是因為水體有機質多，水體富營養化，底質惡化形成的，所以在殺藻后，還要使用過硫酸氫鉀等底質改良劑進行底質改良，然后解毒后使用超能EM菌種等產品進行水質凈化。