自閉癥患者搖頭可能是由于腦部功能發育不完善、注意缺陷多動障礙、強迫行為、癲癇等因素導致，建議患者明確診斷后，在醫生指導下進行針對性治療。

1、腦部功能發育不完善：自閉癥是一種較為嚴重的精神障礙疾病，患者通常會出現社會交往障礙、語言發育遲緩、動作行為刻板等臨床表現。如果腦部功能發育不完善，可能會出現搖頭的癥狀，但并不是由于自閉癥引起，而是由于大腦皮層受到損傷導致。隨著患者年齡增長，腦部功能會逐漸完善，癥狀也會逐漸消失;

2、注意缺陷多動障礙：注意缺陷多動障礙又稱多動癥，是一種起病于兒童期的常見神經發育障礙，多動癥患者由于注意力不集中，可能會出現搖頭的癥狀，并且平時也無法集中注意力，還可能會出現情緒沖動、任性、易激惹等癥狀;

3、強迫行為：強迫癥患者主要表現為強迫觀念、強迫行為，這些強迫行為可能會使患者出現反復、強迫自己做事情的想法，也可能會出現一些過分的沖動行為，使患者感覺到痛苦，甚至會出現搖頭的表現;

4、癲癇：癲癇是由于腦部神經元異常放電而導致的慢性腦功能障礙性疾病，癲癇患者發作時，可能會引起四肢抽搐、肢體僵硬等癥狀，從而可能會使患者出現搖頭的癥狀。

除上述情況外，也可能是由于抽動癥、顱內腫瘤等疾病導致，抽動癥患者主要表現為不自主、突然的多部位肌肉抽動，可出現清嗓子、眨眼睛等癥狀，而顱內腫瘤是由于顱內細胞出現異常增生而導致的一種腫瘤疾病，顱內腫瘤可能會壓迫到腦部神經以及血管，使大腦缺血、缺氧，也可能會引起上述癥狀。