出現革蘭氏陽性菌染成為紫色，革蘭氏陰性菌成為紅色，主要與細菌的細胞壁內肽聚糖和脂類物質含量有關。

細菌革蘭氏染色試驗后，能夠出現不同的顏色，通過染色法把細菌分為革蘭氏陽性菌和革蘭氏陰性菌。革蘭氏陽性菌細胞壁厚，由肽聚糖和磷壁酸組成，肽聚糖含量比較高，緊密交聯，遇到乙醇時，肽聚糖的網孔失去水分收縮，由于不含有脂類，在細胞壁上不能溶出空隙，出現內細胞壁網狀結構孔徑減小，通透性降低，經乙醇處理后，細胞壁里面的碘的復合物和結晶紫不溶解，不被脫色，出現紫色或藍紫色的現象。

革蘭氏陰性細菌的細胞壁比較薄，肽聚糖含量也少，含脂肪量高，松散分布，遇到乙醇后，肽聚糖網孔不容易收縮，乙醇能使細胞壁內溶解碘的結合物和結晶紫被洗去，出現細胞脫色，在通過紅色的染料時，進行染色會出現紅色現象。