熊本縣位于日本的西端、九州島的中心位置。境內以熊本市為中心構成了日本三大都市圈之外的熊本都市圈，屬于日本地域中的九州地方。熊本縣東鄰大分縣和宮崎縣，西臨有明海、八代海，與東海相接，南接鹿兒島縣，北連福岡縣。東部有九州山地，北部有筑肥山地，在西北部，從山地流出的菊地川和球磨川等河流在有明海沿岸形成了熊本平原和八代平原，從本土向西南突出的宇土半島的前面有天草諸島，三面環山。