蝙蝠是胎生動物。蝙蝠每年繁殖一次，通常每窩產1至4仔，幼仔初生時無毛或少毛，常在一段時間內不能視不能聽，由親體照顧5周至5個月。蝙蝠常集群生活，整個蝙蝠群的性周期是同步的，因此大部分交配活動發生于數周之內，妊娠期因種類不同而略有差別。