果蠅屬于節肢動物門。果蠅屬于小型蠅類，體長1.5-4毫米間。蟲體以黃褐色者居多，也有些是黑色的。頭部有一對大而多呈鮮紅色的復眼，兩復眼內側有三對眼緣剛毛，復眼間的后頭中央微微隆起，形成一個單眼三角區，三個單眼的前下方生有一對單眼剛毛。