花甲不能吃的地方有：1、甲殼：甲殼就是包裹在花甲外面的殼，花甲殼一般比較堅硬，并且沒有什么食用價值，因此不能食用。2、腸腺：由于花甲長期生活在海里或者河中，食物種類繁雜，含有大量的細菌及其它重金屬物質，食用之后不利于人體健康，因此花甲的腸腺不建議食用。可以將花甲燙開殼，然后用牙簽將花甲的腸腺挑出來，再將花甲清洗干凈即可。