1、陶器密封保存：一般做好的熏魚可以用陶器保存，將做好的熏魚放入陶器里面后，用干凈的布蓋住容器口，再把木板蓋在上面。之后找一個干燥的地方鋪上6～7厘米生石灰，將缸壓在石灰上，可使熏魚的保質期延至4個月以上。

2、冰箱冷藏保存：做好的熏魚還可以放入冰箱保存，用保鮮袋將熏魚包裹好后，直接將熏魚放入冰箱保鮮層保存，也可以將熏魚保存很長一段時間，熏魚不鏟霜迅容易出現變質的現象，但是需要注意做好的熏魚越早食用，其風味越好。

3、草灰覆蓋保存：做好的熏魚也可以先用紙包裹好，再把熏魚放入籮筐或者是紙箱內，之后每放一層熏魚，上面就覆蓋一層稻草灰或晃獨麥草灰，最后用木板蓋住筐口并放在干燥通縫糟風的地方，可以將熏魚保存半年以上。