標準模型最明顯的問題之一與引力有關。標準模型是一個相對較為完整的理論，它包括構成可見宇宙的物質粒子以及強、弱和電磁相互作用。引力是我們知道時間最長的一種基本力，然而標準模型卻沒有描述這種力。

這個問題在標準模型的構建中根深蒂固。有人提議添加一個新的自旋為2的粒子：引力子來介導引力。但這不是一個好的選擇，它只是根據我們處理其他基本力的方法而提出的假設性粒子，我們到現在都未曾發現它的存在。

另一個問題是中微子質量。根據標準模型，它們應該是無質量的，但我們進行了許多實驗，發現事實并非如此：中微子有質量。人們可以在標準模型中添加質量項，但我們還沒有確定它們的質量是否來自希格斯場。

粒子物理學家對標準模型非常滿意，因為它似乎很好地描述了我們周圍的物質。然而，宇宙學家有不同的看法。根據宇宙學觀測，標準模型的物質只占宇宙能量的5%左右，這意味著那里有更多的看不見的東西。

大約26%的能量是某種暗物質，如果我們看標準模型，它是不包括在內的。標準模型包含零暗物質，但根據宇宙學，暗物質應該比標準模型的物質多得多。這導致粒子物理學家尋找新的暗物質粒子，以制作一個包含暗物質的新標準模型，使其與宇宙學相匹配。這不是一件容易的事，因為它與普通物質相互作用的唯一已知方式是通過引力。然而，重力是一種微弱的相互作用。

標準模型的另一個問題與物質-反物質不對稱有關，這與宇宙主要是物質的事實有關。我們曾經認為宇宙中可能有一些地方有反物質行星或類似的東西，但事實似乎并非如此。因此，問題是反物質發生了什么？

在物質和反物質之間，還有幾個理論問題，強CP問題就是其中一些問題之一。問題在于，理論上沒有什么能阻止您向拉格朗日函數添加附加項（如下圖），這里重要的部分是角度θ和θ'。如果這兩個參數為 0，那么強力不會導致CP違反；如果它們不為零，則應該導致CP違反。問題是實驗強烈表明這兩個參數為零或至少近似為零，這就引出了一個問題，為什么這些值應該為零以使這些項消失？

希格斯質量

希格斯扇區也有點奇怪，現在看起來它相當不自然。如果你計算希格斯粒子的量子校正，那么你會得到一個巨大的數字。這意味著必須對裸希格斯質量進行微調以匹配觀察結果。