中科院分區和jcr分區的學科劃分不同、參考的期刊影響因子年限不同、分區不同、分區閾值不同、期刊學科分類不同、分區方法不同、指標取值不同、寫法不同、IF取值不同、分類體系不同。

學科劃分不同

湯森路透JCR的Journal Ranking沒有設置大類學科，只分為176個具體學科，也就是中科院分區表中所指的小類學科。

參考的期刊影響因子年限不同

JCR分區參考的是上一年度的影響因子，而中科院分區參考的卻是前三年的平均影響因子。

分區不同

中科院期刊分區表常用1—4區，且分區前常用大類或者小類，1區只有5%的頂級期刊，2—4區期刊數量也逐層增加，常用說法為某本期刊在大類某學科為某區；JCR分區常用Q1—Q4（Q表示Quartile in Category），即4個等級中所處的位置，常用說法為某本期刊位于某學科的Q幾，如描述期刊Nature的2014的JCR等級情況：期刊Nature位于Multidisciplinary Sciences學科的Q1。

分區閾值不同

JCR分區是按每區25%的等比例進行劃分，中科院分區的一區、二區和三區的閾值均高于JCR分區的一二三區。

期刊學科分類不同

JCR分區是按照小類劃分，共有176個。而中科院分區是將176個小類劃分為14個學科門類。

分區方法不同

JCR是按照“平均主義”思想，根據刊物IF的高至低平均劃分4個區，每個區含有該領域總量25%的期刊；

中科院的分區如同社會階層的金字塔結構，1區只有5%的頂級期刊，2~4區期刊數量也逐層增加。于是，采用中科院分區后往往出現“掉區”的情況。

顯然中科院的1區和2區雜志很少，雜志質量相對也高，基本都是本領域的頂級期刊。所以有的人發表的論文按JCR分區標準算一區，而按中科院分區算2區甚至三區。

指標取值不同

JCR是按當期（1年）的IF進行分區，中科院是按刊物前3年IF平均值進行分區。

寫法不同

中科院分區和jcr分區，雖然都是四個分區，但兩個分區的寫法是不同的。中科院分區分別是1區、2區、3區、4區。jcr分區分別是Q1、Q2、Q3、Q4。

IF取值不同

中科院分區和jcr分區采用的都是同一學科期刊，按IF降序排列，劃分為不同的分區。但中科院是按刊物前3年IF平均值進行分區，jcr是按當期(1年)的IF進行分區。

分類體系不同

中科院分區有大類和小類之分，而jcr分區只有小類。在小類上，兩者是一樣的。

作者發表SCI論文時，經常會遇到分區的限定條件，比如中科院1區，jcrQ1等。雖然兩個分區都有可能出現，但大多數時候，國內作者還是以中科院分區為準。