有，位置不同。東莞站位于東莞市石龍鎮和茶山鎮交界處，在廣深鐵路上，原石龍火車站南移后，更名為東莞站，停靠往湖南方向的管內列車和廣深城際列車，距離東莞市區較近。東莞東站，位于東莞市常平鎮土塘社區。在京九鐵路上，停靠京九鐵路線上往江西、安徽、河南、山東方向的列車，距離東莞市區較遠。