通過對駐藏大臣選任方式進行深度分析，發現清會典對駐藏大臣“皆為特簡”的記述是不全面的，另外還有軍機處開列以及軍機大臣保舉、大將軍題補的情況存在。選任部門涉及軍機處、吏部和內閣。

因此，對于駐藏大臣人物的評定決不能簡單地定義忠奸兩分法，應要深刻認識到清朝選任制度高度的貴族性、權力集中性以及首崇滿洲的特質，而且以原職銜赴任、高養廉銀、戴罪大臣發配邊疆、以及民族隔離政策的制度安排才是加速駐藏大臣腐化的重要制度缺陷。

駐藏大臣制度的建立與發展不是一蹴而就的，清軍入藏平定準噶爾軍間接催生出為穩定青海蒙藏部落控制的西寧辦事大臣，以及初為善后事宜欽派的赴藏辦事大臣。駐藏大臣的建立之始為先模仿西寧辦事大臣制度，再借鑒新疆將軍—參贊大臣—辦事大臣體系固定化后政教兼管的回疆事務參贊大臣。

之所以駐藏大臣的發展歷程如此曲折，既與西藏本土政教合一體制以及農奴制的根深蒂固有關，又與清朝的內外形勢息息相關。駐藏大臣的選任要求與選任特點自然也隨著駐藏大臣的發展歷程，經歷了由臨時到常設、由以情報奏遞與軍事撫馭到穩定內部政教、由武職屬性較重到文職屬性為主的轉變。

1725年清軍平定青海羅布藏丹津叛亂后，西寧衛改為西寧府，同時設置青海辦事大臣（即西寧辦事大臣）管理青海蒙古番子事務。受此影響，1727年衛藏戰爭后清廷也開始對西藏派遣辦事大臣。

至18世紀30-50年代，清朝主要軍事重點在西北與外喀爾喀。因此這一時期大部分駐藏大臣曾有駐扎新疆或蒙古辦事的經歷。且從具有駐藏經歷的邊臣調轉地區來看，駐藏大臣的掉轉也是以青海、喀爾喀蒙古以及畿輔等地區為主。

準噶爾蒙古平定后，在喀爾喀蒙古，哲布尊丹巴呼圖克圖的去世使得定邊左副將軍收權與制衡變得日益重要。此后為穩定清、俄、喀爾喀蒙古的關系，清廷借鑒在青海、西藏和新疆駐防大臣體系的設置，于1758年始設蒙古庫倫辦事大臣，1761年設科布多參贊大臣，1762年又設滿洲庫倫辦事大臣，形成定邊左副將軍（1733）與烏里雅蘇臺參贊大臣（1736）、庫倫辦事大臣、科布多參贊大臣三方牽制喀爾喀蒙古的局面。

在平定策妄阿拉布坦侵藏的準噶爾軍隊以及羅布藏丹津叛亂后，清廷斷絕了西藏同準噶爾蒙古和青海蒙古的聯系。加之鑒于第司擅政的不良影響，因此在維持西藏政教合一體制的前提下，在藏內推行僧俗噶倫聯合統治的制度。但后因俗官勢力膨脹（如頗羅鼐等）壓制了駐藏大臣以及系統，反而延緩了清朝在藏推行類似于西寧辦事大臣的制度改革，最終引發了朱爾墨特那木扎勒事變。

1751年頒布《藏內善后章程十三條》雖規定了駐藏大臣監督政教、防準保藏的權力，但由于僧俗貴族勢力再次靈活地滲入系統，導致駐藏大臣逐漸因為決策范圍單一（中央批準事務以及驛站等事務的控制）、正副大臣制度缺失與橫向機構短缺而陷入孤立。再者，對宗教事務的忽視，則導致地方教派勢力的跨區域增長的潛在影響，如噶舉派在巴勒布和金川土司地區勢力擴展、主巴噶舉在拉達克王室和不丹的傳播、寧瑪派在哲孟雄的傳播。

還有宗教僧人參政前西藏地方事務的代理人制度缺乏的問題。七世宗教僧人去世后，西藏政教勢力逐漸傾倒向攝政。朱爾墨特那木扎勒叛變讓清廷意識到在西藏建立常備軍隊的重要性，以及以駐藏大臣體系限制僧俗權力的重要性。但駐藏大臣控制西藏政教勢力結合的嘗試（1751）也無疑為回疆伯克制政教分離的改革（1760）提供了反向經驗。

這一時期的駐藏大臣制度因頗羅鼐家族主掌西藏政教事務而發展遲緩，因此主要集中于軍事奏報、糧務轉運與監督藏軍方面，未能對藏內民生或政教事務有所干涉。該時期駐藏大臣的選任來源也受頻繁軍事活動影響，以都統副都統、部院侍郎和散秩大臣為主。

從選任程序上來看，由于涉及機密事務以及軍事活動較多，因此該階段駐藏大臣的選任主要以特簡為主，選任部門也主要以軍機處為主。從任職機制來看，駐藏大臣的權力尚未完善，自1740年開始，因封賜噶倫以及駐藏大臣原銜兼任的弊端，清廷始給予駐扎西藏辦事大臣以副都統銜（正二品），來統馭藏內僧俗貴族。

1747年改稱不分正副的“西藏辦事大臣”，至1749年開始定員二人并注意關防職掌權力的區分。因此自欽差大臣派駐西藏一直沿用不固定的欽差大臣關防。1751年，欽差大臣關防的使用成為定制。至少從1754年8月開始使用駐藏大臣關防，實際上仍是固定化的欽差大臣關防。駐藏大臣關防采用文職屬性的尚方大篆，表明乾隆帝對于駐藏大臣的設想，并不是簡單地類比于以武力鎮守的其他駐防辦事大臣，而是將其作為文官系統中的地方駐扎大臣來主持西藏地方政教事務，并給予西藏地方一定的自**。

駐藏大臣的議敘與薦舉制度、以及監察制度尚未成形，處分與開復機制更是缺乏，加之駐藏大臣對藏內政教事務直接干涉不多，如此長期下去，若不區分正副大臣（1749年始區分職掌關防權力）以及同駐辦事地點(1751年遷往撒木朱康撒爾后始分居)就很容易滋生舞弊與貪腐行為。因此在選任制度方面借鑒同樣處于軍事前沿的哈密漢城、滿城的駐扎大臣，或軍事緩沖區的西寧辦事大臣反是正常。

18世紀60-90年代，乾隆皇帝對于回疆的設想本于準噶爾的經驗。1在平定回部叛亂時，率先開始應用固定化將軍—參贊大臣—辦事大臣體系的軍府制設置，并逐漸開始了對伯克制政教分離與土官改流官的改革。

在西北和回疆相繼平復后，清廷于1762年設置伊犁將軍作為新疆最高的行政與軍事長官總攬新疆事務，形成了伊犁將軍鎮守伊塔地區、烏魯木齊鎮守東路烏魯木齊地區，喀什噶爾參贊大臣節制南路八城的格局。1765年烏什回民不堪阿奇木伯克與駐扎大臣剝削，爆發人民起義。事后，乾隆帝在烏什增設了各回城事務參贊大臣，也注意對駐扎大臣和伯克勾結的管理。1789年后，乾隆帝對駐藏大臣和高級僧俗貴族的勾結也十分警惕。

廓爾喀戰役后，掌管地方政教權力的喀什噶爾參贊大臣便成為駐藏大臣權力改革的最佳參照對象。18世紀80-90年代，則多傾向選派具有任職伊犁經驗的伊犁領隊大臣、伊犁參贊大臣與伊犁將軍赴藏。

18世紀60-90年代駐藏大臣的掉轉開始向中西部（如寧夏、陜甘、四川、云貴）和東南（如福州、臺灣等）方向轉移。一方面，這與八旗駐防重心轉換有關。乾隆中后期在重點防守畿輔的同時，也經歷了八旗駐防體系形成、八旗漢軍編入綠營以及由重東南到重西北（西和北）的轉移。另一方面，也與清緬戰爭（1765-1769）、第二次金川戰役（1771-1776）、清越戰爭（1788-1789）、平定臺灣叛亂（1787-1788）的戰爭需要有關。