已知最早的蝙蝠化石是食指伊神蝠，是在美國懷俄明州發現的。后來發現德國的麥塞爾湖湖床層內有更完整的蝙蝠化石，這些化石可以追溯到始新世時期，這些早期的蝙蝠有許多和現存的小蝙蝠亞目相似，很難探究它們是如何進化而來。最早的與大蝙蝠亞目相似的化石，可追溯到大約3500萬年前。有人說蝙蝠是老鼠進化來的，也有人說它是中生代翼龍的后裔，這些都是謠言。有這樣一種說法，目前蝙蝠的直系祖先還沒有發現，因此猜測是老鼠或者翼龍也情有可原。事實上，蝙蝠演化雖然細節不清楚，但總體路線是明確的，現有科學發現已經足夠否定老鼠起源說或翼龍起源說了，作為科普作者，應明確對這些錯誤說法說不。