中間高，為山地；四周低，為平原。日本國土當中約有６１％是海拔３００米以上的山地。１８％是海拔３００米以下的丘陵，二者相加將近占國土的８０％。海拔３０００米以上的山脈有２１座。其中，最高的是位于山梨，靜岡縣境內的富士山，它海拔３７７６米。最低的地方是神奈川的橫濱川崎地區和新潟平原。