北石龜和小青龜的區別：產地不同、頭部不同、體色不同、眼睛不同、背甲不同、腹部不同、四肢不同、體型不同、特點不同。

產地不同：北石龜產于臺灣，而小青龜則是產于福建。

頭部不同：北石龜比南種小，而小青龜的頭部小。

體色不同：北石龜灰色，面部花紋不明顯，而小青龜橄欖色，面部花紋不明顯。

眼睛不同：北石龜眼睛稍凸，眼球黑線不長而模糊，瞳孔圓珠型，而小青龜的眼睛突出，眼球沒有黑線。

背甲不同：北石龜背甲為灰色黑色，無明顯黑棱，而小青龜背部呈灰色、棱是黃色。

腹部不同：北石龜腹部淡黃色，黑頭小，顏色模糊，而小青龜是黃色、黑色斑點更小、模糊且不規則。

四肢不同：北石龜四肢是黑褐色，而小青龜是白色的。

體型不同：北石龜體型中等，烏龜平均體重800克，而小青龜體小，龜平均體重400克，食量少，生長緩慢。

特點不同：北石龜的主要特點是黑色，除了喉部側面花紋和四肢腋窩呈黃色外，整個背殼有黑色的感覺，沒有明顯的黑色棱線，整個腹甲渾濁，黑色斑點呈線狀向腹甲中央放射，頭部呈圓形，無明顯的三角形，呈灰色，面部花紋不明顯眼睛瞳孔呈圓珠形，而小青龜主要特點是全身呈青色或淡黃色，四肢發白，棱黃色，頭部呈藍色，散發著幽玄的藍光，面部花紋不清，眼睛瞳孔呈圓球形，腹甲黑斑與越南海龜非常相似，但比越南海龜黑斑小。