三代手續費收入需要按照“商務輔助服務——經紀代理服務”繳納增值稅，企業為一般納稅人的，適用6%稅率，企業為小規模納稅人的，適用3%征收率。

三代手續費是指代扣代繳、代收代繳以及委托代征稅款的手續費，是國家為了調動相關稅種的扣繳義務人、代征單位和個人的積極性，每年在一定時間按照其實際代扣代繳、代收代繳和代征代繳稅款的一定比例返還給這些單位和個人的費用。日常中較為常見的業務有，代扣代繳個人所得稅，代收代繳車船稅，代征代繳車輛購置稅、委托代征經濟代理人稅款等。

三代手續費收入，增值稅方面需要按照提供“商務輔助服務——經紀代理服務”計算繳納增值稅，單位為一般納稅人的，適用6%稅率，取得三代手續費時，貸方確認“應交稅費——應交增值稅（銷項稅額）”，單位為小規模納稅人，適用3%征收率，2023年1月1日至2023年12月31日，小規模納稅人適用3%征收率的應稅銷售額減按1%征收。

一般納稅人取得三代手續費收入時：

借：銀行存款

貸：其他收益/營業外收入

應交稅費——應交增值稅（銷項稅額）

小規模納稅人取得三代手續費收入，賬務處理的區別主要在增值稅科目，小規模納稅人記入到“應交稅費——應交增值稅”，減稅政策下，按照三代手續費不含稅收入的1%計算。

企業所得稅方面，根據《財政部 稅務總局 人民銀行關于進一步加強代扣代收代征稅款手續費管理的通知》（財行〔2019〕11號）“三代”單位所取得的手續費收入應單獨核算，計入本單位收入，用于與“三代”業務直接相關的辦公設備、人員成本、信息化建設、耗材、交通費等管理支出。上述支出內容，國家已有相關支出標準的，嚴格執行有關規定；沒有支出標準的，參照當地物價水平及市場價格，按需支出。單位取得的“三代”稅款手續費以及手續費的使用，應按照法律、法規有關規定執行。

單位取得的三代手續費收入，企業所得稅方面，并入收入總額，同時相關成本費用支出，也可以在企業所得稅稅前扣除。以個人所得稅代扣代繳手續費為例，單位可以選擇將取得的手續費返還獎勵給財務人員，此時需要并入財務人員工資薪金所得，繳納個人所得稅。

獎勵給財務人員，賬務處理：

計提時：

借：管理費用

貸：應付職工薪酬

實際支付時：

借：應付職工薪酬

貸：銀行存款

應交稅費——應交個人所得稅

三代手續費中最常見和最普票是個人所得稅的代扣代繳，以員工工資薪金收入為例，任職受雇單位為其法定的扣繳義務人，單位在支付工資時代扣下員工需要預繳的稅款，并在次月15日以內為其辦理納稅申報代繳稅款。扣繳義務人可以在次年1月1日至3月30日前通過自然人電子稅務局（扣繳端）“退付手續費核對”模塊申請辦理個人所得稅手續費退付，具體退付的金額為，上年度扣繳稅款的2%，返還的手續費最高不超過70萬元。

根據《財政部 稅務總局 人民銀行關于進一步加強代扣代收代征稅款手續費管理的通知》（財行〔2019〕11號）規定，“三代”稅款手續費按年據實清算。代扣、代收扣繳義務人和代征人應于每年3月30日前，向稅務機關提交上一年度“三代”稅款手續費申請相關資料，因“三代”單位或個人自身原因，未及時提交申請的，視為自動放棄上一年度“三代”稅款手續費。